彼得·帕克的侠客生活正值春风得意：梦中女孩玛丽·珍心甘情愿地投入了他的怀抱，纽约城尊他为“蜘蛛英雄”，《号角日报》的记者工作没了障碍，还能时刻以蒙面英雄身份惩治所有罪犯！然而，平静的背后总隐藏着惊人的暴风雨！好友哈里已然察觉出帕克便是杀死父亲的凶手，在密室里发现“绿魔”装备的他，一番痛苦挣扎后，决定继承父亲衣钵变身“二代绿魔”，要蜘蛛侠血债血偿；另外，从监狱逃脱的弗林特·马克意外变成了威力巨大的“沙人”，而此人恰恰与帕克最敬爱的本叔叔的死脱不了干系。
内忧外患接踵而来，而某个夜里，一个神秘的外星生物更侵入了蜘蛛侠的战衣！原本红蓝相间的正义“蜘蛛”，瞬间化作黑色的邪恶，帕克的力量更加强大，然而他的思想也开始受到侵袭，向着黑暗转变。偏偏帕克此时又开始和可爱的实验室搭档格温·史黛茜眉来眼去，爱恨交织之下，帕克越来越傲慢愤怒，并开始伤害那些真正关心他的人。无独有偶，对史黛茜心存爱慕的报社记者埃迪·布鲁克亦“有幸”得到了黑色蜘蛛服，对蜘蛛侠又恨又嫉的他，就此化身邪恶的“毒液”！蜘蛛侠必须再次作出选择：是直面严峻的挑战，拯救危难的纽约城？还是堕向黑暗，任凭复仇之心吞噬自己？